Le PNF a été créé dans l'urgence politique de l'affaire Cahuzac, avec une idée simple : la délinquance financière des grandes entreprises exige des magistrats spécialisés, des assistants techniques — fiscalistes, comptables, analystes financiers — et une compétence nationale qui affranchisse des découpages territoriaux.
Son outil le plus visible est la CJIP. En 2022, il a conclu avec McDonald's France une convention réglant un litige portant sur des prix de transfert : les redevances versées par les restaurants français à une structure luxembourgeoise du groupe. Amende d'intérêt public : 508,5 millions d'euros, à quoi s'ajoutent 737 millions d'impôt et pénalités versés à la DGFiP.